私も中学生の時、円形脱毛症になりました。
その時「シャンプーは薬用のもの、リンスはしない、地肌に薬をすり込む」
という、治療をした覚えがあります。

縮毛矯正をしたことがないのでなんともいえないんですが
地肌に少しでも刺激のあるものはどうなんでしょうね…。
主治医に相談はしましたか？
素人の判断では無理な気がしますが…。